جامعہ کے بانی محدث العصر علامہ سید عبدالسلام رستمی نور اللہ مرقدہ نے ادارے کی بنیاد شورائی نظم پر رکھی، آپ کا معمول یہ تھا کہ مدرسہ کے انتظامی اور تعلیمی امور میں اہلِ علم اور اہل تجربہ سے مشاورت کر کے فیصلہ فرماتے تھے، اس ضمن میں آپ رحمہ اللہ نے دو مجلسیں قائم کی تھیں

’’مجلسِ شوریٰ‘‘، جو علاقہ کے منتخب عمائدین پر مشتمل تھی، اس مجلس سے جامعہ کے خاص انتظامی امور میں مشورہ فرماتے تھے۔

 ’’مجلسِ تعلیمی‘‘، جو جامعہ کے اساتذہ میں سے نمایاں علمی شخصیات پر مشتمل تھی، اس مجلس سے تعلیمی امور میں مشاورت فرماتے تھے۔

شیخ القرآن سید عبدالسلام رستمی رحمہ اللہ کی وفات ((17/ 11 /2014 م بمطابق(24/1/ 1436هـ).) کے تین دن بعد جامعہ کی شوریٰ کا اجلاس ہوا اور تمام ارکان نے مولانا مفتی محمد ابوسعید رستمی رحمہ اللہ (جن کو شیخ القرآن رحمہ اللہ نے اپنی حیات مبارکہ کے اواخر میں حیاً و میتاً اپنا نائب مقرر فرمایا تھا) کو جامعہ کا مہتمم مقرر کیا۔

مولانا مفتی محمد ابوسعید رستمی رحمہ اللہ نے جامعہ کا اہتمام اور نظم و نسق خیر و خوبی سے چلایا اور اپنے اکابر کے منشا اور ان کی امیدوں کے مطابق جامعہ کو ترقی دی، الحمد للہ! اس کی کئی شاخیں قائم ہوئیں۔

مولانا مفتی محمد ابوسعید رستمی رحمہ اللہ کی وفات (19 جولائی 2019ء) کے بعد جامعہ کی مجلس شوریٰ اور اساتذہ کا اجتماع منعقد ہوا اور ارکان مجلس نے بالاتفاق مولانا سید عبدالبصیر مدنی کو جامعہ کا مدیر اورمولانا عبدالصبور شاہین  کونائب مدیر مقرر کیا ۔